La laguna de Zóñar se localiza al suroeste de Aguilar de la Frontera. Comenzó siendo una Reserva Nacional de caza en 1982, que implicaba la prohibición de cazar, posteriormente Reserva Integral declarada en el año 1984. Cinco años más tarde, en 1989, se reclasificó como Reserva Natural, junto con las lagunas del Rincón, Jarales, Tiscar, Salobral y Amarga y se incluyeron en el Inventario de Espacios Naturales Protegidos de Andalucía. Éstas integran el interesante núcleo de lagunas del sur de la provincia de Córdoba que, en su conjunto, destacan por su riqueza en biodiversidad y por el interés ecológico de estos entornos ubicados en plena campiña.
La Reserva Natural propiamente dicha, comprende una lámina de agua de 37 hectáreas más un cinturón de vegetación perilagunar.
Entorno a ésta existe una zona periférica de protección de 500 metros. La laguna de Zóñar es la mayor de las tres lagunas de aguas permanentes de la provincia de Córdoba, junto con la del Rincón y Amarga. Almacena 3 Hm3 de agua aproximadamente.